Para establecer el archivo principal de una aplicación en azure websites hay que crear un archivo llamado web.config en la raíz de la aplicación. En él indicaremos el archivo principal de la aplicación, como puede verse en el siguiente ejemplo (en este caso para una aplicación php, en negrita):
<configuration>
<system.webServer>
<rewrite>
<rules>
<clear />
<rule name="Kanboard-nice-urls" stopProcessing="true">
<match url="^" ignoreCase="false" />
<conditions logicalGrouping="MatchAll" trackAllCaptures="false">
<add input="{REQUEST_FILENAME}" matchType="IsFile" ignoreCase="false" negate="true" />
</conditions>
<action type="Rewrite" url="server.php" appendQueryString="true" />
</rule>
</rules>
</rewrite>
</system.webServer>
</configuration>