Para buscar en una ventana de conEmu hay que usar:
Tecla Windows + F
Pero esa combinación de teclas ya está asociada a otra acción del sistema (al menos en Windows 10). Por lo que deberíamos cambiarla por otra más típica como Control + F.
Para ello vamos a:
Settings -> Keys & Macro
Allí buscamos la combinación que tiene como descripción:
"Find text in active console"
Le especificamos la configuración y hacemos click en "Save settings"