En la ventana con la cola de transferencia hay que hacer botón derecho y desmarcar la opción "Procesar la cola".
A partir de ahí cerramos filezilla, reiniciamos hacemos lo que tenemos que hacer que al arrancar, volvemos a conectarnos y volvemos a marcar la opción "Procesar la cola".
A partir de ahí seguirá dónde se había quedado.
Más info gráfica a aquí:
http://omkarcoms.blogspot.com.es/2013/03/how-to-pause-resume-file-transfer-in.html