Si queremos eliminar todos lo que contiene un directorio, excepto uno o varios ficheros o directorios, podemos ejecutar este comando desde el directorio en cuestión
rm -rfv !("filename")
donde filename sería el nombre del archivo o directorio.
Con las opciones rf estamos forzando que se eliminen todos los directorios que no sean el que hemos especificado, aunque no estén vacíos, por lo que conviene ir con mucho cuidado.
Si queremos hacer lo mismo con varios archivos o directorios, podríamos especificar tantos como quisiéramos así:
rm -rfv !("filename1"|"filename2")