El error completo era:
ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2)
Me pasaba al intentar conectarme a una base de datos dentro de un contenedor docker, intentando acceder desde el host.
Lo resolví editando el fichero my.cnf y dejando comentada la línea siguiente, de la siguiente manera:
#bind-address = 127.0.0.1
Una vez hecho hay que reiniciar el servicio del MySQL.
Ya podremos acceder desde el host, indicando localhost. Una vez hecho ya podremos acceder desde el workbench.