Para cambiar los finales de línea seguimos los pasos siguientes:
1) Instalamos este plugin:
http://plugins.netbeans.org/plugin/46829/change-line-endings-on-save
2) Una vez instalado, vamos a Tools --> Options --> Editor
3) Activamos el checkbox: "Enable adjusting the line endings"
4) Seleccionamos el tipo de línea que queremos y aceptamos