Por defecto, Notepad++ viene con una tipografía que no es monoespaciada.
Para cambiarla hay que ir a
Settings --> Style Configurator
Allí, en la columna de la derecha hay una columna llamada Font Style. Podremos elegir la fuente, el tamaño y el estilo.
Para que nos aplique los cambios ya debermos marcar las checkbox que hay debajo:
"Enable global font"
"Enable global font size"
Podemos elegir por ejemplo la fuente "Consolas" que sí es monoespaciada.