Esto pasaba aunque al principio del fichero había un comentario puesto:
/**
* This file is for to do tests with the Amazon Cloudwatch API
*/
La razón es que tiene que haber como mínimo dos bloques de comentarios por fichero para que no de error. PHPdocumentor espera que haya más de un comentario, si sólo encuentra uno se piensa que es de parte del código y no del principio del fichero.
Más info aquí: http://stackoverflow.com/questions/21312643/phpdoc-no-summary-found-for-this-file