Hay que hacerlo editando el código:
Los pasos son:
1) Subir la imagen a /opt/bitnami/apps/redmine/htdocs/public/images y dar los mismos permisos que tengan el resto de ficheros en ese directorio
2) Modificar el fichero: app/views/layouts/base.html.erb y sustituir la línea del h1 por la del logo, debe quedar así:
<!--<h1><%= page_header_title %></h1>-->
<img src="<%= Redmine::Utils.relative_url_root %>/images/logo.png" style="top-margin: 15px; left-margin: 15px;"/>
3) Reiniciar redmine
Más info aquí:
http://www.redmine.org/projects/redmine/wiki/Howto_add_a_logo_to_your_Redmine_banner