Primero debemos añadir un nuevo schema. Para ello vamos a Model -> Model items -> Schemas y lo añadimos.
Luego vamos a Model -> Generate DDL script -> Run
Allí seleccionamos el Schema en el campo correspondiente.
Debemos revisar que a cada tabla se le ha asociado el esquema. Para ello hacemos doble click en el objeto y le asociamos el esquema mediante la pestaña "General".
Debemos asegurarnos también que la checkbox "Schemas" dentro del apartado "Property name" está activada.
Una vez hecho ya podremos generar el script y nos habrá añadido el nombre del esquema delante.