Para deshabilitar todos los updates, hay que poner esto en wp-config.php:
define( 'AUTOMATIC_UPDATER_DISABLED', true );
Es posible personalizar más los auto updates, indicando por ejemplo que sólo se hagan automáticamente actualizaciones menores del core, etc... Más info aquí:
http://codex.wordpress.org/Configuring_Automatic_Background_Updates#Core_Updates_2